Colloque INRAE Genomics

13h30

Accueil des participants

13h45

Accueil / présentation du Centre INRAE Val-de-Loire

14h00

Présentation INRAE Genomics et expertise des plateformes

15h40

Pause - Hotel Mercure

Session 1

Séquençage et assemblage des génomes en 2022

16H20

- Yann Guiguen "Les génomes polyploïdes d'esturgeons : séquencage, assemblage, sexe et recherche de polymorphisme"

- Jean-Marc Aury "Sequencing, assembly and analysis of eukaryotic genomes using long-reads"

- Christophe Klopp "Résultats d'assemblage du projet SeqOccin"

17h50

Table ronde / Discussion

18h15

Infos logistique + pause

20h 

diner festif - Hotel Mercure

Session 2

Génotypage en 2022 : le point sur les SNPs

8h20

- Véronique Jorge "Développement d'un outil de génotypage SNP chez les espèces forestières : les bénéfices d'une mutualisation"

- Romain Morvezen "Application du génotypage SNPs en sélection génomique aquacole"

- Jonathan Kreplak "Allegro targeted genotyping, an efficient system for population genomics in Lentil"

- Mekki Boussaha "Recherche de mutations nouvelles chez les bovins par reséquençage systématique."

- Sabrina Delaunay "Optimisation des protocoles GBS pour un génotypage efficace des espèces"

10h00

Table ronde / Discussion

10h30

Pause- Hotel Mercure

Session 3

Génotypage en 2022 : au delà du SNP

11h00

-  Clovis Pawula ¨Génotypage de microsatellites par séquençage chez les polyploïdes : Évaluation d’un jeu de marqueurs conçu pour le genre Rosa"

- Thomas Faraut "Les variations de structure à la lumière des longues lectures"

- Arnaud Bellec "Capture ciblée des régions génomiques contrôlant les caractères d'intérêts dans la diversité végétale : stratégies et challenges."

12h00

Table ronde / Discussion

12H30 

repas à l'hotel Mercure

Session 4

Epigénétique

14h

- Stephane Maury "De l'épigénétique à l'épigénomique : retour d'expérience et perspectives chez les plantes"

- Frédérique Pitel "Avancées et perspectives ouvertes en épigénétique animale grâce à SeqOccIn"

- Jean-Marc Celton "Epigenetic and physiological adaptative responses of apple seedlings to drought stress"

15h15

Table ronde / Discussion

15h45

Pause et déplacement sur site Orléans

16h30

Visite site Orléans : pépinière + LICA + Infosol

18h

Apéritif festif sur site Orléans

20h30 

Repas à l'hotel Mercure

Session 5

Metagénomique

9h00

- Alain Franc "Apprentissage des OTUs en metabarcoding sur un tableau de distances : opportunités grâce au calcul intensif"

- Amaury Bignaud "Contact Genomic, an alternative use of Hi-C data for (Meta)genomes annotations and scaffolding"

- Denis Milan "Avancées réalisées en métabarcoding et en métagénomique dans le cadre du projet SeqOccIn grâce au séquençage longs fragments"

10h00

Table ronde / Discussion

10h30

Pause

Session 6

Applications génomiques "out-of-the-box"

11h00

- Didac Barroso-Bergada "Biomonitoring and the inference of microbial interactions"

- Carlos Lopez Vaamonde "Biosurveillance et suivis des insectes avec les codes-barres ADN"

- Guillaume Martin "Bioinformatic approaches based on SNP to characterize ancestral mosaic genome structures of cultivated banana"

- Harold Duruflé "A systems biology approach to better understand the genetic determinism of complex poplar phenotypes for breeding purposes"

12h20

Table ronde / Discussion

12h45

Clôture :

- Catherine Bastien, cheffe de département EcoDiv

- Jérôme Salse & Denis Milan, INRAE Genomics